馆徽外圆内方，寓意天圆地方。
中间方形图案为大学城校区图书馆整体外形。
左侧白色方柱，虚化为三个“册”字，意为古老的书简，数字三，既为天、地、人“三才”，又代表三生万物。
右侧实为排列小窗，恰似若干金文的“丝”字，既寓意古老的帛书，又喻指现代的光纤电子资源；上下两两相连，又似药葫芦，代指中医药。无论是竹简还是丝帛，都是古老的书籍载体，彰显本馆的中医古籍特色。
正中为广州中医药大学学术权杖，意指图书馆为学术重地，其两侧为翻开重叠的纸质书本，代表图书馆“开放共享”的理念。
最上一本书与权杖合为一个“中”字，代表允执厥中，此为中国文化和中医的核心理念，也代表图书馆在馆藏古今中西书籍方面的兼容并蓄。
书本与权杖合二为一，屋顶为两个博士帽，代表书籍是人类进步的阶梯，是通往学术巅峰的捷径。
权杖手柄之下半圆形，似喷薄的朝阳，代表朝气蓬勃的青年学子，又似进入图书馆这个学术殿堂的拱门。
“图书馆”三字为国医大师邓铁涛教授所题。
